GÉNOMES DES CORONAVIRUS DU COVID-19, DU SRAS ET DES CHAUVES-SOURIS SÉQUENCES D’ARN HOMOLOGUES PARTICULIÈRES

Pérez, JC Doctorat Maths § Informatique Université de Bordeaux, RETRAITE Chercheur Interdisciplinaire (IBM Emeritus, IBM European Research Center On Artificial Intelligence Montpellier), Bordeaux Métropole, France

EST CE QUE JE:

https://doi.org/10.29121/granthaalayah.v8.i7.2020.678

Résumé

Nous sommes confrontés à l’invasion mondiale d’un nouveau coronavirus. Cela fait suite à plusieurs épidémies limitées de virus apparentés à divers endroits dans un passé récent (SRAS, MERS).

Bien que le principal objectif actuel des chercheurs soit d’apporter des solutions thérapeutiques et préventives efficaces à la population mondiale, nous devons également mieux comprendre l’origine de l’épidémie induite par le nouveau coronavirus afin d’éviter de futures épidémies. Le présent bilan moléculaire consiste à étudier par une approche bio-informatique les faits relatifs au virus et à ses
précurseurs.

Cet article montre comment 16 fragments (gènes Env Pol et Integrase) de différentes souches, à la fois diversifiées et très récentes, des rétrovirus HIV1, HIV2 et SIV ont un pourcentage élevé d’homologie dans des parties du génome de COVID_19. De plus, chacun de ces éléments est constitué de 18 nucléotides ou plus et peut donc avoir une fonction. Ils sont appelés Eléments Informatifs Exogènes (EIE). Parmi ces EIE, 12 sont concentrés dans une toute petite région du génome du COVID-19, de longueur inférieure à 900 bases, soit moins de 3% de la longueur totale de ce génome. De plus, ces EIE sont positionnés dans deux gènes fonctionnels du COVID-19 : les gènes orf1ab et S spike. Voici les deux faits principaux qui contribuent à notre hypothèse d’un génome partiellement synthétique : Une région contiguë représentant 2,49 % de l’ensemble du génome COVID-19 dont 40,99 % est constitué de 12 fragments divers provenant de diverses souches de rétrovirus VIH SIV. Certains de ces 12 EIE apparaissent concaténés. Notamment, la partie rétrovirale de ces régions, constituée de 8 éléments issus de différentes souches
de HIV1, HIV2 et SIV couvre une longueur de 275 bases contiguës de COVID-19. La longueur cumulée de ces 8 éléments HIV/SIV représente 200 bases. Par conséquent, le taux de densité du VIH SIV de cette région de COVID-19 est de 200/275 = 72,73 %.

Téléchargements

Les références

OMS-SRAS, https://www.google.com/url? sa=t&source=web&rct=j&url= https://www.who.int/ith/diseases/sars/en/&ved=2ahUKEwi YufHk5tDoAhXU3oUKHSTwBuYQFjAWegQIBRAB&usg=AOvVaw0bFoEUPELafXU98baC4o2k

QUI-MERS, https://www.google.com/url? sa=t&source=web&rct=j&url= https://www.who.int/emergencies/mers-cov/en/&ved=2ahUKEwjigPe059DoAhXEx4UKHU5xDDYQFjAMegQIBBAC&usg=AOvVaw1kaYVgLwAr9c7E yL7kGXQn

Perez, JC, 2020/02/13, Wuhan nCoV-2019 SARS Coronaviruses Genomics Fractal Metastructures Evolution and Origins, DO -DOI : 10.20944/preprints202002.0025.v2, Researchgate : https://www.researchgate.net/publication/339331507_Wuhan_nCoV – 2019_SARS_Coronaviruses_Genomics_Fractal_Metastructures_Evolution_and_Origins DOI : https://doi.org/10.20944/preprints202002.0025.v2

Lyons Weiler J., 2020, 30/01/2020, Sur les origines du virus ncov 2019 wuhan china, https://jameslyonsweiler.com/2020/01/30/on-the-origins-of-the-2019- ncov-virus- wuhan-chine/

Perez JC, (2020). « WUHAN COVID-19 ORIGINES SYNTHÉTIQUES ET ÉVOLUTION. » Revue internationale DOI : https://doi.org/10.29121/granthaalayah.v8.i2.2020.221

de la recherche – Granthaalayah, 8(2), 285-324. https://doi.org/10.5281/zenodo.3724003 .

Perez JC, Codex biogenèse – Les 13 codes de l’ADN [Jean-Claude … 2009] ; Langue : français ; ISBN-10 : 2874340448 ; ISBN-13 : 978-2874340444 https://www.amazon.fr/Codex-Biogenesis-13-codes-lADN/dp/2874340448 .

Perez JC, Déchiffrer les méta-codes cachés de l’ADN – La grande unification et le code maître de la biologie. J Glycomics Lipidomics 5:131, 2015, doi : 10.4172/2153- 0637.1000131 https://www.longdom.org/abstract/deciphering-hidden-dna-metacodes-the-great-unification-amp-master-code-of- biologie-11590.html DOI : https://doi.org/10.4172/2153-0637.1000131

Perez, JC Six codes fractals de la vie biologique: perspectives en exobiologie, recherche fondamentale sur les cancers et prise de décision en matière de biomimétisme en intelligence artificielle. Prépublications 2018, 2018090139 (doi : 10.20944/preprints201809.0139.v1). https://www.google.com/url?sa=t&source=web&rct=j&url=https://www.preprints.org/manuscript/201809.0139/v1&ved=2ahUKEwj9wo-A_vfqAhUrDWMBHUCEAN0QFjAAegQIBBAB&usg=AOvVaw2FjttkMu-Pz4axTeyvU459

Land AM Et al, l’hypermutation provirale du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) de type 1 est en corrélation avec le nombre de CD4 chez les femmes infectées par le VIH du Kenya., J Virol. août 2008;82(16):8172-82. doi : 10.1128/JVI.01115- 08. Epub 11 juin 2008, DOI : 10.1128/JVI.01115-08 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18550667 DOI : https://doi.org/10.1128/JVI.01115-08

Venkatesan P, Franck Alla Plummer, The Lancet Maladies infectieuses, avril 2020, DOI : https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30188-2

: https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30188-2 , https://www.thelancet.com/pdfs/journals/laninf/PIIS1473-3099(20)30188-2.pdf DOI

Perez, J. Limites théoriques de l’épigénétique des génomes synthétiques : les cas d’artificiels Caulobacter (C. eth-2.0), Mycoplasma Mycoides (JCVI-Syn 1.0, JCVI-Syn 3.0 et JCVI_3A), E-coli et YEAST chr

XII. Prépublications 2019, 2019070120 (doi:10.20944/preprints201907.0120.v1). https://www.preprints.org/manuscript/201907.0120/v1

Zhou, P et al, 2020, Une épidémie de pneumonie associée à un nouveau coronavirus d’origine probable de chauve-souris, Nature 579 (7798), 270-273 (2020), DOI : 10.1038/s41586-020-2012-7 DOI : https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

FISABIO, 2020, http://fisabio.san.gva.es/web/fisabio/noticia/-/asset_publisher/1vZL/content/secuenciacion- coronavirus.

Andersen, KG, Rambaut, A., Lipkin, WI et al. L’origine proximale du SRAS-CoV-2. Nat Med (2020). https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9 DOI : https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9

Prashant Pradhan et al, Similitude étrange des inserts uniques dans la protéine de pointe 2019-nCoV avec le VIH-1 gp120 et Gag, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1 , Cette préimpression biorxiv a été retirée par les auteurs.

Yuanchen Ma et al., 2020-2-27, l’excrétion d’ACE2 et l’abondance de furine dans les organes cibles peuvent influencer l’efficacité du SARS-CoV-2 , http://www.chinaxiv.org/abs/202002.00082

Xiaolu Tang, Changcheng Wu, Xiang Li, Yuhe Song, Xinmin Yao, Xinkai Wu, Yuange Duan, Hong Zhang, Yirong Wang, Zhaohui Qian, Jie Cui, Jian Lu, Sur l’origine et l’évolution continue du SARS-CoV-

, Revue scientifique nationale, , nwaa036, https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036 DOI : https://doi.org/10.1093/nsr/nwaa036

Lu, R et al., 2020. Caractérisation génomique et épidémiologie du nouveau coronavirus 2019 : implications pour les origines du virus et la liaison aux récepteurs The Lancet. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736%2820%2930251-8/fulltext

Wei Ji, et al, La recombinaison homologue au sein de la glycoprotéine de pointe du coronavirus 2019-nCoV nouvellement identifié peut stimuler la transmission inter-espèces du serpent au

humain, https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/jmv.2568220 .

Peng Zhou et al, Découverte d’un nouveau coronavirus associé à la récente épidémie de pneumonie chez l’homme et son origine potentielle de chauve-souris, BioRxiv, janvier 2020, https://doi.org/10.1101/2020.01.22.914952 DOI : https://doi.org/10.1101/2020.01.22.914952

Leoz M, Feyertag F, Kfutwah A, Mauclère P, Lachenal G, et al. (2015) L’émergence en deux phases du groupe O du VIH-1 non pandémique au Cameroun. Agents pathogènes PLOS 11(8) :

e1005029. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1005029 DOI : https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1005029

Hangping Yao, et al., Les mutations dérivées du patient ont un impact sur la pathogénicité du SRAS-CoV-2

medRxiv 2020.04.14.20060160 ; deux: . https://doi.org/10.1101/2020.04.14.20060160 DOI : https://doi.org/10.1101/2020.04.14.20060160

DBT Cox et al., édition d’ARN avec CRISPR-Cas13 , Science 24 novembre 2017 : Vol. 358, numéro 6366, p. 1019-1027, DOI : 10.1126/science.aaq0180 DOI : https://doi.org/10.1126/science.aaq0180

LaRinda A. Holland et al, Une délétion de 81 nucléotides dans l’ORF7a du SRAS-CoV-2 identifiée à partir de la surveillance sentinelle en Arizona (janvier-mars 2020), Journal of Virology (2020). DOI : 10.1128/JVI.00711-20 DOI : https://doi.org/10.1128/JVI.00711-20

ue Wu Zhang et al, La similarité structurelle entre les protéines gp41 du VIH1 et SARS-CoV S2 suggère un mécanisme de fusion membranaire analogue Mai 2004Journal of Molecular Structure THEOCHEM 677(1):73- 76, DOI: 10.1016/j.theochem.2004.02.018 DOI : https://doi.org/10.1016/j.theochem.2004.02.018

Pilani et autres, dans la comparaison de silico des affinités obligatoires de la protéine-ACE2 de pointe à travers des espèces ; importance pour l’origine possible du virus SARS-CoV-2, https://arxiv.org/abs/2005.06199

Perez, j., & Montagnier, L. (2020, 25 avril). COVID-19, SRAS et chauves-souris Génomes des coronavirus Séquences d’ARN exogènes inattendues. https://doi.org/10.31219/osf.io/d9e5g DOI : https://doi.org/10.31219/osf.io/d9e5g

Seong-Tshool Hong et al., L’émergence du SRAS-CoV-2 par un génome inhabituel

reconstitution, DOI 10.21203/rs.3.rs-33201/v1 https://www.researchsquare.com/article/rs-33201/v1

Zhang, M., Kaneko, I., Tsao, T. et al. Un parasite Plasmodium yoelii hautement infectieux, portant la protéine circumsporozoïte de Plasmodium falciparum. Malar J 15, 201 (2016). DOI : https://doi.org/10.1186/s12936-016-1248-z

F. Castro-Chavez, (juin 2020), Anticovidian v.2 : COVID-19 : hypothèse de l’origine du laboratoire versus une zoonose

Événement pouvant également provenir d’un laboratoire, GJSFR (soumis ; à paraître dans : [ https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/? term=%22Castro-Chavez%20F%22])

Perez JC (2018) Le code de la vie atomique multi-isotopique optimal : Perspectives en astrobiologie.  165. doi : 10.4172/2332-2519.1000165, https://www.longdom.org/open-access/the-optimal-multiisotopic-atomic-code-of-life-perspectives-in-astrobiology-2332- Astrobiol Outreach 6 : 2519-1000166.pdf

Zhang et al. La mutation D614G dans la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 réduit l’excrétion de S1 et augmente l’infectiosité,

doi : https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726 DOI : https://doi.org/10.1101/2020.06.12.148726

A Bauer & R. Sachez, Vivre au temps du Coronavirus, Cerf 2020, (ISBN : 978-2-204-14203-8),

https://www.amazon.fr/Comment-vivre-temps-coronavirus-comprendre-

Sorensen, B. et Al, Biovacc-19 : Un vaccin candidat contre le Covid-19 (SRAS-CoV-2) développé à partir de l’analyse de sa méthode d’action générale pour l’infectiosité, DOI : https://doi.org/10.1017/qrd .2020.8 , Publié en ligne par Cambridge University Press : 02 juin 2020.

Source :

https://www.granthaalayahpublication.org/journals/index.php/granthaalayah/article/view/IJRG20_B07_3568

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